福建省湄洲灣港口管理局的成立，是福建繼二00六年一月成功整合廈門灣內隸屬的廈門、漳州兩地八個港區之后，又一跨行政區劃的港口資源大整合。
此間官方稱，這是福建擴大海峽兩岸經貿往來，加快建設兩岸直接往來綜合樞紐的重要舉措。
湄洲灣與臺灣基隆港隔海相望，具有港闊水深、岸線長、航道寬、風浪小、不淤不凍、防護條件好、陸域大等特點，可建深水泊位一百五十多個，素有“中國少有、世界不多”的天然良港美稱，規劃港口及臨港工業岸線達一百三十四公里。
據介紹，福建省湄洲灣港口管理局負責統一管理原來分別隸屬于泉州和莆田的四個港區，統籌協調南岸、北岸發展，統籌協調港口開發與集疏運體系建設；打造以大型液散、能源商貿運輸為主體的肖厝港區，以大型液散、能源儲備運輸、船舶修造為主體的斗尾港區，以發展LNG、散雜商貿運輸為主體的秀嶼港區，以大型干散、能源商貿運輸為主體的東吳港區，從而成為海峽西岸有影響力的以大型液體散貨中轉、重型石化以及內貿集裝箱運輸為特色的主樞紐港。
為加快湄洲灣港口開發建設進程，福建省湄洲灣港口開發有限責任公司亦同時成立。
