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《中國時報》報道指出，民進黨當局的兩岸政策，徘徊在務實利益及意識形態之間，因此常會出現松緊不一、甚或出現政策矛盾的狀況。陳水扁及“行政院長”蘇貞昌都明確否認開放大陸投資40%上限，但是“陸委會”日前宣布擴大小三通適用對象，開放0.18微米制程的八吋晶圓廠；顯然，臺灣當局也深知，再阻擋晶圓廠前往大陸布局，反而不利這些高科技廠的全球競爭，但又不愿得罪深綠，因此在不開放上限的狀況下，以個案的方式同意晶圓廠開放赴陸。
又例如，“移民署”新規定的大陸人士來臺居留配額表，限縮大陸配偶限配額，無形中延長大陸配偶申請時間，增加有意迎娶大陸配偶家庭成本，鼓勵這些家庭轉向其它外籍配偶，此一政策當然是讓獨派滿意。
島內媒體認為，晶圓廠及大陸配偶政策，雖有“可以作不可以說”或“差別待遇”狀況，但至少整體政策還算配套，而對于即將來臨的大陸觀光客采取生物檢測措施，則出現政策矛盾的狀況。
報道指出，事實上，全面開放大陸觀光客明顯有利于臺灣方面，因為大陸當局本身對公民出國，就已嚴格設限，加上有能力出國的大陸民眾，必定在大陸有一定的社會地位。令人疑惑的是，臺“移民署”竟對這群高消費實力的觀光客，采取差別待遇，幾乎是把大陸觀光客未審先判，入境之后，把他們全當成罪犯統一列管，這樣能真正吸引到大陸人士來臺嗎？更何況，大陸觀光客來臺，有利臺灣市場，是臺灣當局積極爭取的，談判籌碼在大陸對方手上，臺方甚至以假日包機作為籌碼，來和大陸交換，雙方才勉強達成一些默契。
《中國時報》稱，然而，正在大陸觀光來臺即將開放之際，臺“移民署”卻已悄悄展開布局，鎖定所有來臺的大陸人士入境通關時，都必須接受“按捺指紋、拍攝臉型、掃瞄虹膜”三合一查驗。這種令人瞠目結舌的夸張舉措，恐將對兩岸為觀光客來臺的磋商結果造成負面效應，讓臺灣吸引大陸觀光客來臺政策大打折扣，主政者務必三思而行。
