為推動(dòng)兩岸農(nóng)業(yè)合作，發(fā)揮大陸不同地區(qū)農(nóng)業(yè)資源優(yōu)勢(shì)與臺(tái)商資金、技術(shù)與管理優(yōu)勢(shì)，1997年起，國(guó)務(wù)院臺(tái)灣事務(wù)辦公室、農(nóng)業(yè)部與外經(jīng)貿(mào)部先后聯(lián)合批準(zhǔn)在福建省（福州市、漳州市）、海南省、山東省平度市、黑龍江省多個(gè)縣市與陜西楊凌等建立了5個(gè)“海峽兩岸農(nóng)業(yè)合作試驗(yàn)區(qū)”，開(kāi)創(chuàng)了兩岸農(nóng)業(yè)合作的新模式。
福建省海峽兩岸農(nóng)業(yè)合作試驗(yàn)區(qū)是1997年由國(guó)家批準(zhǔn)的第一個(gè)以促進(jìn)海峽兩岸農(nóng)業(yè)經(jīng)貿(mào)發(fā)展、擴(kuò)大農(nóng)業(yè)合作的試驗(yàn)區(qū)，也是成效比較好的試驗(yàn)區(qū)。目前，該試驗(yàn)區(qū)包括了福州與漳州兩個(gè)試驗(yàn)區(qū)，也是目前成效最好的試驗(yàn)區(qū)之一。福州試驗(yàn)區(qū)以發(fā)展優(yōu)質(zhì)高效農(nóng)業(yè)為重點(diǎn)，即發(fā)展水果、蔬菜、花卉、糧食、食用菌、畜禽、水產(chǎn)、林竹等8大產(chǎn)業(yè)，建立了亞熱帶優(yōu)質(zhì)高效農(nóng)業(yè)合作區(qū)、山地綜合農(nóng)業(yè)合作區(qū)、沿海漁業(yè)合作區(qū)、城鄉(xiāng)觀光農(nóng)業(yè)合作區(qū)、海島綜合開(kāi)發(fā)合作區(qū)與綠色食品生產(chǎn)合作區(qū)等6個(gè)合作基地。福州試驗(yàn)區(qū)在啟動(dòng)福清、閩侯、浪岐3個(gè)示范區(qū)的基礎(chǔ)上，2001年又新批準(zhǔn)羅源、連江與晉安3個(gè)示范區(qū)。
漳州實(shí)驗(yàn)區(qū)以發(fā)展外向型農(nóng)業(yè)為重點(diǎn)，主要包括發(fā)展糧食、水果、花卉、畜牧、林竹、食用菌、蔬菜與水產(chǎn)8大類(lèi)產(chǎn)業(yè)，先后建立了農(nóng)產(chǎn)良種引進(jìn)隔離區(qū)、長(zhǎng)橋農(nóng)業(yè)園藝科技合作園區(qū)、南溪流域耕地綜合開(kāi)發(fā)合作區(qū)、東山灣水產(chǎn)養(yǎng)殖合作區(qū)、東山水產(chǎn)品加工貿(mào)易合作區(qū)及云洞巖、三平觀光休閑農(nóng)業(yè)合作區(qū)等8個(gè)合作試驗(yàn)區(qū)。
據(jù)統(tǒng)計(jì)，到2000年6月，福建海峽兩岸農(nóng)業(yè)合作試驗(yàn)區(qū)計(jì)有臺(tái)資農(nóng)業(yè)企業(yè)892家，合同臺(tái)資11. 86億美元，實(shí)際到資7. 16億美元 ，估計(jì)目前臺(tái)資企業(yè)超過(guò)1000家，合同臺(tái)資在15億美元，實(shí)際投資在10億美元，顯示臺(tái)商在福建農(nóng)業(yè)領(lǐng)域的投資主要集中在兩個(gè)試驗(yàn)區(qū)內(nèi)。
山東平度海峽兩岸農(nóng)業(yè)合作試驗(yàn)區(qū)是1999年3月獲準(zhǔn)興建。該試驗(yàn)區(qū)以農(nóng)副產(chǎn)品加工、種植、養(yǎng)殖為主，劃分為七大合作生產(chǎn)區(qū)，即優(yōu)質(zhì)葡萄合作生產(chǎn)區(qū)、綠色食品花生合作生產(chǎn)區(qū)、名優(yōu)水果合作生產(chǎn)區(qū)、名優(yōu)花卉合作生產(chǎn)區(qū)、無(wú)公害蔬菜合作生產(chǎn)區(qū)、良種畜禽合作生產(chǎn)區(qū)，優(yōu)質(zhì)種子（苗）合作生產(chǎn)區(qū)。另設(shè)有四大功能區(qū)，即魯臺(tái)農(nóng)業(yè)科技信息交流中心、魯臺(tái)農(nóng)副產(chǎn)品展銷(xiāo)中心、農(nóng)業(yè)高薪技術(shù)合作試驗(yàn)區(qū)與臺(tái)資農(nóng)副產(chǎn)品加工區(qū)。到2000年底，平度海峽兩岸農(nóng)業(yè)合作試驗(yàn)區(qū)有臺(tái)商投資農(nóng)業(yè)企業(yè)105家，總投資2. 25億美元，合同臺(tái)資1. 9億美元，實(shí)際利用臺(tái)資7081萬(wàn)美元。其中臺(tái)灣大華農(nóng)業(yè)公司已租用了8000多畝土地，引進(jìn)日本優(yōu)質(zhì)蘋(píng)果與水梨等種植，產(chǎn)品大部分出口。由于該試驗(yàn)區(qū)具有較好的資源優(yōu)勢(shì)，發(fā)展?jié)摿ι写蟆?
黑龍江海峽兩岸農(nóng)業(yè)合作試驗(yàn)區(qū)呈現(xiàn)點(diǎn)狀分布，包括了哈爾濱市、牧丹江市、佳木斯市、大慶市與黑龍江農(nóng)懇總局。黑龍江省是我國(guó)重要的商品糧、畜牧業(yè)與林業(yè)生產(chǎn)基地，正好是臺(tái)灣缺乏的領(lǐng)域，為具備資金與技術(shù)優(yōu)勢(shì)的臺(tái)商在此一地區(qū)開(kāi)發(fā)提供了條件，但由于受多種因素的制約，潛力尚未得到充分挖掘。
海南海峽兩岸農(nóng)業(yè)合作試驗(yàn)區(qū)是唯一以全省為范圍的試驗(yàn)區(qū)，于1999年初設(shè)立。海南省與臺(tái)灣氣候條件類(lèi)似，是發(fā)展熱帶農(nóng)業(yè)的最佳地區(qū)。臺(tái)商投資已初步形成優(yōu)良品種引進(jìn)繁育場(chǎng)、熱帶水果開(kāi)發(fā)區(qū)、熱帶花卉開(kāi)發(fā)區(qū)、水產(chǎn)品養(yǎng)殖開(kāi)發(fā)區(qū)、休閑農(nóng)業(yè)開(kāi)發(fā)區(qū)、農(nóng)產(chǎn)品加工保鮮區(qū)、甘蔗種植區(qū)、蔬菜開(kāi)發(fā)區(qū)等“一場(chǎng)七區(qū)”的雛形。臺(tái)資企業(yè)還形成十多個(gè)較大規(guī)模的制種育苗基地，如豬苗繁育基地、魚(yú)苗繁育基地、無(wú)性繁殖蘭花和單細(xì)胞培育香蕉苗基地、蔬菜種苗基地、西瓜及洋香瓜種子制種基地與芒果種苗基地等。臺(tái)資農(nóng)業(yè)企業(yè)已成為海南省農(nóng)業(yè)的重要組成部分，在內(nèi)銷(xiāo)市場(chǎng)與外銷(xiāo)創(chuàng)匯中發(fā)揮著重要作用。
陜西楊凌海峽兩岸農(nóng)業(yè)合作試驗(yàn)區(qū)，2000年批準(zhǔn)，正式成立于2001年。該試驗(yàn)區(qū)內(nèi)設(shè)立農(nóng)業(yè)科學(xué)園區(qū)、農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè) 園區(qū)、現(xiàn)代農(nóng)業(yè)及社區(qū)建設(shè)示范園區(qū)、農(nóng)產(chǎn)品儲(chǔ)運(yùn)與營(yíng)銷(xiāo)園區(qū)、農(nóng)業(yè)推廣輻射園區(qū)和農(nóng)業(yè)觀光休閑帶等六大專(zhuān)業(yè)區(qū)。楊凌是國(guó)家農(nóng)業(yè)高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)示范區(qū)，有雄厚的農(nóng)業(yè)科研力量，在未來(lái)西部開(kāi)發(fā)中對(duì)于促進(jìn)干旱半干旱地區(qū)農(nóng)業(yè)具有非常重要的作用。目前該試驗(yàn)區(qū)剛剛起步，需要充分利用楊凌的科研優(yōu)勢(shì)與西部開(kāi)發(fā)機(jī)遇，以此開(kāi)發(fā)區(qū)作為基地，加強(qiáng)兩岸在西部農(nóng)業(yè)領(lǐng)域的投資與合作。
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