臺灣防務主管部門26日表示，臺灣當局領導人馬英九高度肯定海巡和防務部門25日在保護漁民和漁船前往釣魚島海域保釣護漁，宣示主權的作為。馬英九當天在“聯勤司令部”與官兵餐敘致辭時強調，當局對漁民合法且在傳統漁場捕魚的權益，一定全力維護。
馬英九說，在25日的保護漁民保釣護漁中，臺灣海空軍一方面提供最精準信息，讓海巡部門能夠充分掌握釣魚島及附屬島嶼水域的海空情勢，另方面軍艦及軍機也處于待命狀態，在第二線做好準備，以防萬一發生狀況能在最短時間提供必要的援助。
他說，“我們絕對不會”把軍方“擺到第一線，一定是在第二線”，但軍方“不能不做好準備”。海巡部門的背后有海空軍的信息，讓它們得以掌握釣魚島水域的海空情勢。
對于漁民們展現的團結與理性，以及當局相關單位彼此密切聯系，讓每艘漁船安全返航，馬英九也特別表達感謝與嘉勉。并表示，釣魚島海域是臺灣漁民長年的漁場，作業都超過100年，清朝時就開始，所以有些漁民把釣魚島當成后院一樣，打魚累了就上島撿鳥蛋，休息一下，這是非常常見的事，因此，當局對漁民合法且在傳統漁場捕魚的權益，一定會全力維護。
臺灣防務主管部門發布的新聞稿披露，為備援25日海巡部門的護漁保釣行動，臺灣海軍分別由濟陽級艦2艘、成功級艦1艘擔任策護、應援任務，“艦指部”并于宜蘭蘇澳作戰指揮中心開設前進指揮所，負責任務指揮與管制。空軍則分別由F-16、幻象戰機計14架次于北部空域執行戰斗巡邏，以便可隨時轉用至東部空域。
另外，F-16及幻象戰機計8架次分別于花蓮、新竹基地警戒待命；E-2K空中預警機計4架次于適當空域警戒，并由“空作部”負責任務指揮與管制。空軍松山機場保持S-70C機計4架次15分鐘待命，海軍“艦指部”還于基隆港備救難艦1艘，以利執行海上人道救援任務。
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