平潭綜合實驗區以“共同規劃、共同開發、共同經營、共同管理、共同受益”等“五個共同”作為兩岸“共建共管”的核心思想與精神，創建一個全新的“兩岸合作與制度建設的特別行政區”(可簡稱為“平潭兩岸特區”)，開創兩岸合作的全新模式，探求兩岸“共同治理”的新模式。

　　“五個共同”的核心內涵是在平潭綜合實驗區實踐兩岸共同參與、共同建設、共同經營、共同管理、共同受益與共同發展的兩岸合作新模式，即試行 “一區共治”、“共建共管”與“利益共享”。主要有五個特性：

　　第一，“五個共同”的兩岸性。平潭綜合實驗區與大陸其他開發區、經濟特區、試驗區的根本區別在于，除實施包括特殊海關監管等在內的開放開發政策外，是它獨特的涉臺性、兩岸性。平潭綜合實驗區雖然是大陸方面率先提出并主導推動的，但核心是兩岸合作建設及實現兩岸“共建共管”，即不是完全由大陸單方面規劃、開發、建設與管理，而是更強調海峽兩岸共同參與規劃、開發、建設與管理。尤其是在未來平潭綜合實驗區的制度建設與社會管理中，要充分吸收臺灣的管理制度或治理經驗以及政策建議。平潭綜合實驗區的開發開放與治理模式是既超越臺灣也超越大陸的，是由兩岸“共創共建共管”的，是海峽兩岸共同建設與共同管理的一種新型特別行政區，可稱之為“平潭兩岸特區”。

　　第二，“五個共同”的共同參與性。平潭綜合實驗區的另一核心價值與思想是兩岸“共同參與性”。盡管平潭綜合實驗區的設想最初是由大陸方面提出與推動的，但出發點、推進過程、制度建設與長遠目標，均積極爭取臺灣方面的參與、規劃、開發、經營與管理，并共同享有實驗區發展成果，同時承擔相應的區內公民或管理者的責任與義務，可以說具有“一區共治”或“一區共管”的思想內涵。這種共同參與性，在性質上可以是民間、半民間或半官方的，也可以是官方的；在時程上可以是現在的，也可以是未來的，臺灣參與的大門一直是開放的；參與的程度是有彈性的，是可低可高的，是不斷提升與推進的。